Надо конечно материалы дела смотреть, но думаю тут скорее всего зашкварились на работе с «ямами». Вовремя не закрыли вопрос, ну и налоговики стали раскручивать это дело.
В таких ситуациях виноваты либо учредители, пожалевшие деньги на закрытие вопроса, либо не квалифицированные юристы, а возможно и то и другое.
Хотя имхо, с «ямами» работают все.
Но привлечение СМИ тут не поможет, а скорее только повредит, повысит цену на решение вопроса, так как «резонанс».
А решать придется все равно, возьмут за попу директора, он все и выдаст, когда поймет что и на него в этой ситуации деньги жалеют.